Brändö Seglare har en god och idyllisk klubbhamn på södra Brändö. Hamnens byggnader och fasta kajer ligger på holmen Sälen. För att svara på ökad efterfrågan har hamnens kapacitet under åren utvidgats genom utbyggnad av fasta vågbrytare, flytande pontoner samt sjösättningsrampar.

Hamnen sköts i gott samarbete med Helsingfors stads sport- och friluftsverk. Hamnen har plats för onkring 60 kölbåtar och motorbåtar vid kaj och ponton, samt för cirka 30 jollar på land. Hamnen har också en fast lyftkran med kapacitet upptill 1 ton för att lyfta lätta kölbåtar.

Medlemmar med båt kan ansöka om plats i hamnen. Båtarna i hamnen bör förtöjas och underhållas enligt direktiven för BS hamn. Gästplatser står till förfogande för tillfälliga besökare. Den som före eller efter öppna regattor vill lämna sin båt i hamnen bör ta kontakt med hamnkaptenen. Jollar och mindre trailerburna båtar kan hämtas till Sälen via en gångbro från Granfeltsvägen.